Парсинг больших .csv и добавление в базу

$read = fopen('file.csv', 'r');
while( ($str = fgetcsv($read, 8000, ',')) !== FALSE ):
    //... парсинг файла
endwhile;

$sql_add = "UPDATE `table` 
            SET `prof` = '1,4,6,8' 
            WHERE `id` IN(2,3,4,1,1,2233,3321,1,3,2... сюда еще дописывается в среднем до 1000 айдишников)";
$query = Db::query($sql_add);
$query->closeCursor();# не ждать ответа от запроса

Проблема известная, и не всегда доступны для изменения параметры таймаута на сервере. Для обработки длинных запросов многие плагины (например, резервного копирования) разбивают свой код на куски (chunks), которые перезапускают сами себя для продолжения. Или создают очередь кусков, которые потом выполняются один за другим.

Я делал такое на WordPress для закачки 14 тыс товаров. Не знаю, на чем у Вас сайт, но общий принцип работы один и тот же: запуск кусков из очереди по cron.

Рекомендую сделать импорт файла напрямую в БД посредством LOAD INFILE:

Создаёте стаблицу, подходящую под файл:

CREATE TABLE 'CSVImport' (id INT);
ALTER TABLE CSVImport ADD COLUMN Title VARCHAR(256);
ALTER TABLE CSVImport ADD COLUMN Company VARCHAR(256);
ALTER TABLE CSVImport ADD COLUMN NumTickets VARCHAR(256);

Загружаете:

LOAD DATA INFILE '/home/paul/clientdata.csv' INTO TABLE CSVImport;

А потом делаете вставку в нужную вам таблицу через INSERT INTO (SELECT ... FROM CVSImport)

Могу предложить использовать подготовленные запросы.

$connection->autocommit(false); //Отключам автоматическую фиксацию изменений базы данных при проведении транзакции. И, собственно, начиинаем саму транзакцию
if (!($stmt = $connection->prepare("INSERT INTO orders (id_orders, id_handlings, id_gens, id_gens_groups, id_genotypes, id_staff, consider_cost) VALUES (DEFAULT, '$id_handlings', ?, ?, DEFAULT, DEFAULT, DEFAULT)"))) {die($connection->error);}; //Подготоавливаем запрос
if (!$stmt->bind_param('ii', $id_gens, $id_gens_groups)) {die($connection->error);}; //Привязываем переменные - обе integer => ii
$id_gens=15; //получаем значение одной из переменных
$id_gens_groups=25;
if (!$stmt->execute()) {die($connection->error);}; //Выполняем подготовленный запрос.
if (!$connection->commit()) {die($connection->error);}; //Сохраняем транзакцию

Таким образом БД не будет каждый раз компилировать каждый запрос. А скомпилирует его раз и будет просто подставлять значения. Это должно помочь.

К тому же время работы скрипта (максимальное) можно увеличить или вовсе убрать таймаут

set_time_limit(0); //Устанавливаем максимальное время выполнения скрипта в секундах. Ноль - неограничено.

Вариант ещё один. Скачать БД и поднять её на локальной машине. Провести все манипуляции на локальной машине, создать копию и заменить на сервере.

1. Входной файл можно обрабатывать параллельно (при наличии такой возможности - несколько процессоров), это в несколько порядков увеличит скорость. То есть несколько потоков формируют входной файл для LOAD DATA INFILE.
2. Далее действуете как написал @Daniel Protopopov