Перенести php код в шаблонизатор Smarty

Отделение "представления (хтмл)" от логики (пхп кода) это весьма хорошо, и шаблонизаторы здесь весьма упрощают нам жизнь. Однако не стоит тащить в шаблон все, что плохо лежит. Ваша задача в пхп коде подготовить данные, и передать их в шаблон. Таким образом в пхп коде должна быть написана вся логика по выборке данных из БД, а результат передан в шаблон.

То есть в пхп файле у вас остается?

$query = "select ... ";
$result = mysql_query($query);
while($row = mysql_fetch_assoc($result)) {
    $options[] = $row; 
}
$smarty->assign('options', $options);
$smarty->assign('current', $current); // выбранный пункт

А в tpl-шаблоне вы только выводите уже сформированные данные:

<select id="sel">
    <option id="" value="">Выберите марку авто</option>
    {foreach $options as $o}
    <option value="{$o.marka}" {if $o.marka == $current}selected{/if}>{$o.marka}    </option> 
    {/foreach} 
</select>

если вы будете пытаться в переносить работу с БД в шаблон, то лучше просто не используйте шаблоны.

Также обратите внимание, что более свежие версии пхп (7.х) гораздо эффективнее, а расширение mysql_ устарело еще лет 10 назад, и собственно в пхп 7 его уже и нет. Используйте PDO:

$sth = $pdo->query('select...');
$options = $sth->fetchAll();