Php / Codeigniter / errors

Попробуйте убрать вывод текущих ошибок такими строками:

error_reporting(0);
ini_set('display_errors', '0');

Должны пропасть ошибки типа deprecated. Вместе с ними и предупреждение об изменении заголовков после вывода.

По поводу именно изучения PHP на движке Codeigniter - время кодигнайтера прошло лет 5-6 назад. Потом был в тренде Yii (первая версия), но и этот тренд канул в лету. Изучая данный движок, Вы заведомо отстаете на два поколения (если так можно выразиться).

Если хотите изучать современные подходы, то после изучения основ (нужно хорошо понимать ООП) смотрите в сторону Yii2, Laravel последних версий, Symfony3. Сейчас это самые популярные фреймворки с развитым комьюнити, т.е. Вы можете быстро найти решение проблемы в гугле. Вместе с этими фреймворками придет и опыт работы с composer'ом.