PHP. Перестановка элементов массива

$x = [0,-5,-9,3,76,-99,-3,-4,101,-212,10,31];
foreach ($x as $k => $i) {
    if ($i < 0) {
        $y[] = $i;
        unset($x[$k]);
    }
}
print_r(array_merge($y, $x));

$x = [0,-5,-9,3,76,-99,-3,-4,101,-212,10,31];
foreach ($x as $k => $i) {
    if ($i >= 0) {
        array_push($x, $x[$k]);
        unset($x[$k]);
    }
}
print_r($x);

Воспользуйтесь функцией usort.

usort($x, function(int $a, int $b){
    if($a < 0){
        return -1;
    }
    if($b < 0){
        return 1;
    }
    return 0;
});

заведите два массива, один для отрицательных другой для положительных. Пройдитесь циклом по данному и распихайте значения в эти два. а затем слейте в один в нужном порядке. что-то вроде такого

$p = []; $n = [];
foreach($values as $v){
   $v >= 0 ? $p[] = $v: $n[] = $v;
}
$result  = array_merge($n, $p);