php object to array

Так происходит потому, что при сериализации массива в PHP функцией json_encode можно получить массив или объект в зависимости от того, был ли массив простым списком. Важно понимать, что значения в списке отсортированы и при обращении ко второму элементу списка вы получите второй элемент, а не элемент с индексом 2. Могучие массивы php тут требуют деликатного обращения. Если вам нужен список, то преобразуйте массив в список перед сериализацией (например с помощью функции array_values), но будьте внимательны позиция элемента в списке и его ключ не одно и то же.

Для понимания происходящего выполните (например в консоли php -a) такой код:

$arr = [];
$arr[2] = 'два';
$arr[1] = 'один';
$arr[0] = 'ноль';
$i = 0;
foreach ($arr as $k => $v) {
    echo "итерация $i - ключ $k\n";
    ++$i;
}

Кстати, в js вы можете итерировать объекты с помощью for in.

Предложил бы передавать из php объект вместо массива. php:

$arr = [
  '0' => 0,
  '2' => 2,
  '1' => 1,
];
echo json_encode($arr); // {"0":0,"2":2,"1":1}

Вслед за @ЕгорБанин предложу for in для итерации свойств объекта. Но это для es6.
В es5 придется немного "поплясать с бубном".

js:

var arr = JSON.parse('{"0":0,"2":2,"1":1}');
// es6
for (var item in arr) {
  console.log(item);
}
// es5
for (var idx = 0; idx < Object.keys(arr).length; idx++) {
  console.log(arr[idx]);
}
// 0
// 1 
// 2