Плагин CodeSniffer для Atom перестал работать

На ОС Ubuntu я установил и настроил плагин phpcs в редакторе Atom, который долго и исправно показывал ошибки несоответствия стандарту PSR-2. После того, как я начал новый проект в новом документе внезапно перестал показывать ошибки. Кроме того, при переходе на новую строку отступы стали устанавливаться не 4 пробела, а 2. Делал перегрузку. В настройках плагина в Атоме вроде все норм. Phpcs по прежнему работает через командную строку. В Атоме в History внизу показывается что плагин Phpcs работает. В чем может быть причина данной неполадки?