Почему в создается 2 одинаковых экземпляра класса вместо двух разных

Исправил немного. Теперь создается столько инстанций, сколько ты укажешь через amount

Есть моменты которые непонятны?

Код

<?php
/**
 * Interface AnimalCan.
 */
interface AnimalCan
{
    /**
     * Показывает информацию о "созданном" животном
     */
    public function getInf(): void;
    /**
     * Создает новое животное и устанавливает у него параметры.
     *
     * @return mixed
     */
    public function create();
}
/**
 * Class Animal.
 */
abstract class Animal implements AnimalCan
{
    /**
     * Class constants.
     *
     * @var array
     */
    protected const
        F_NAMES  = ['Josh', 'Carl', 'Charlie', 'Cooper', 'Duke', 'Toby', 'James', 'Star'],
        M_NAMES  = ['Bella', 'Lucy', 'Brigitte', 'Luna', 'Sophie', 'Sadie', 'Daisy', 'Molly'],
        ACTIVITY = ['играет', 'ест', 'бегает', 'плавает', 'ворочается', 'рычит', 'пьёт', 'спит'],
        GENDERS  = ['мужской', 'женский'];
    /**
     * @var string
     */
    public $name;
    /**
     * @var int
     */
    public $gender;
    /**
     * @var int
     */
    public $age;
    /**
     * @var string
     */
    public $activity;
    /**
     * У каждого свой.
     * Зебра не может быть львом.
     *
     * @var string
     */
    protected $type;
    /**
     * Создание животного.
     *
     * @return $this|mixed
     */
    public function create()
    {
        $this->setGender()
            ->setName()
            ->setAge(7)
            ->setActivity();
        return $this;
    }
    /**
     * Возвращает информацию.
     */
    public function getInf(): void
    {
        echo '<pre>';
        print_r($this->toArray());
        echo '</pre>';
    }
    /**
     * Возвращает имя животного.
     *
     * @return string
     */
    public function getName(): string
    {
        return $this->name;
    }
    /**
     * Устанавливает имя животного.
     *
     * @param int $value
     *
     * @return $this
     */
    public function setName($value = 1): self
    {
        $obj = $this->gender === $value
            ? static::F_NAMES
            : static::M_NAMES;
        $this->name = $obj[\array_rand($obj)];
        return $this;
    }
    /**
     * Возвращает тип животного.
     *
     * @return string
     */
    public function getType(): string
    {
        return $this->type;
    }
    /**
     * Возвращает пол.
     *
     * @return int
     */
    public function getGender(): int
    {
        return $this->gender;
    }
    /**
     * Возвращает строковое значение пола животного.
     *
     * @return string
     */
    public function getGenderName(): string
    {
        return static::GENDERS[$this->gender];
    }
    /**
     * Устанавливает пол животного.
     *
     * @param int $value
     *
     * @return $this
     */
    public function setGender($value = 1): self
    {
        $this->gender = \random_int(0, $value);
        return $this;
    }
    /**
     * Возвращает активность.
     *
     * @return string
     */
    public function getActivity(): string
    {
        return $this->activity;
    }
    /**
     * Устанавливает активность.
     *
     * @return $this
     */
    public function setActivity(): self
    {
        $this->activity = static::ACTIVITY[\array_rand(static::ACTIVITY)];
        return $this;
    }
    /**
     * Возвращает возраст
     *
     * @return int
     */
    public function getAge(): int
    {
        return $this->age;
    }
    /**
     * Устанавливает возраст
     *
     * @param $value
     *
     * @return $this
     */
    public function setAge($value): self
    {
        $this->age = random_int(1, $value);
        return $this;
    }
    /**
     * Возвращает массив характеристик.
     *
     * @return array
     */
    protected function toArray(): array
    {
        return [
            'Вид'        => $this->getType(),
            'Имя'        => $this->getName(),
            'Пол'        => $this->getGenderName(),
            'Возраст'    => $this->getAge(),
            'Активность' => $this->getActivity(),
        ];
    }
}
/**
 * Class Lion.
 */
class Lion extends Animal
{
    /**
     * @var string
     */
    protected $type = 'Лев';
}
/**
 * Class Zebra.
 */
class Zebra extends Animal
{
    /**
     * @var string
     */
    protected $type = 'Зебра';
}
/**
 * Class Tiger.
 */
class Tiger extends Animal
{
    /**
     * @var string
     */
    protected $type = 'Тигра';
}
/**
 * Class Cage.
 */
class Cage
{
    /**
     * @var array
     */
    protected $animals;
    /**
     * Cage constructor.
     *
     * @param AnimalCan $animal
     * @param           $amount
     */
    public function __construct(AnimalCan $animal, int $amount)
    {
        foreach (\range(0, $amount - 1) as $item) {
            $beast                = clone $animal;
            $this->animals[$item] = $beast->create();
            $beast->getInf();
        }
    }
    /**
     * @return array
     */
    public function getAnimals(): array
    {
        return $this->animals;
    }
}

Запуск

$lion = new Lion;
$lions = new Cage($lion, 2);
var_dump($lions->getAnimals());   

Ответ

array(2) {
  [0] =>
  class Lion#6 (5) {
    protected $type =>
    string(6) "Лев"
    public $name =>
    string(8) "Brigitte"
    public $gender =>
    int(0)
    public $age =>
    int(2)
    public $activity =>
    string(20) "ворочается"
  }
  [1] =>
  class Lion#7 (5) {
    protected $type =>
    string(6) "Лев"
    public $name =>
    string(4) "Carl"
    public $gender =>
    int(1)
    public $age =>
    int(6)
    public $activity =>
    string(10) "рычит"
  }
}