права на скрипт в ubuntu из php

etc/sudores

www-data ALL = (ALL) ALL, NOPASSWD:/usr/local/vesta/bin/*

раз необходимую конфигурацию в конфигурационный файл программы sudo вы уже внесли, то и используйте эту программу.

т.е., вместо:

shell_exec('/usr/local/vesta/bin/v-add-user user pass и т.д.')

указывайте:

shell_exec('sudo /usr/local/vesta/bin/v-add-user user pass и т.д.')

Можете установить пакет acl

Для CentOS

yum install acl

И установить через него права на нужный файл/директорию. Устанавливаем маску, дефолтную маску

setfacl -R -m d:m:rwx,m:rwx /usr/local/vesta/bin/v-add-user

права для юзера apache

setfacl -R -m d:u:apache:rwx,u:apache:rwX /usr/local/vesta/bin/v-add-user

прав для юзера client

setfacl -R -m u:user:rwx,u:user:rwX /usr/local/vesta/bin/v-add-user