Проверка “Пустая ли таблица?” PDO

$sql = 'SELECT id FROM table LIMIT 1';
$result = $pdo->query($sql);
if ( !$result->fetch() ) {
    // Пустая таблица
}
// Либо так
if ($result->rowCount() == 0) {
  // Пустая таблица
} 

Сделать select id from table limit 1, если вернет пустой результат, то таблица пустая

Понятие "таблица пуста" эквивалентно понятию "количество записей в таблице равно нулю". Следовательно, выполняем запрос

SELECT COUNT(*) AS recordscount
FROM tablename

и сравниваем полученное значение единственного поля recordscount единственной записи возвращённого набора с нулём.

Не забываем проверить, не возникло ли в процессе выполнения запроса ошибки (таблица может быть удалена, повреждена, заблокирована, соединение с сервером может "развалиться" и т.п.).