Работа с программами через php

По поводу командной строки к windows-приложениям - там все очень печально, поскольку они графические в 99,99% случаев. Даже если командная строка приложения имеет параметры, запускать исполняемый файл с параметрами и слушать ответ удовольствие ниже плинтуса

Если задача в том, чтобы конвертировать DOC в PDF, имея php на Windows, то посмотрите вот на этот сервис: https://convertio.co/ru/api/docs/

Судя по всему, сервис работает, позволяет обращаться к себе через CURL, имеет интерфейс на PHP на GitHub. Я бы посоветовал вам его использовать, или не его, а аналогичные

Подобных сервисов много, это первый в поисковой выдаче, который мне попался. Не отправляйте конфиденциальную и важную информацию в подобные сервисы. Пожалуйста.

Если же DOC является результатом чего-либо, и у вас есть исходный материал этого чего-то, посмотрите в сторону https://tcpdf.org/ Отличная библиотека, умеет генерировать PDF из кода или из HTML