Сообщение об отступах в phpStorm

Как сказано выше, это предложение отформатировать файл в соответствии с настройками IDE (Settings | Editor | Code Style | <your language>). По умолчанию (если включена опция Detect and use existing file indents for editing в Settings | Editor | Code Style) редактор пытается использовать имеющиеся в файле отступы при работе с файлом (например, если в файле используется табуляция, именно она будет использоваться при редактировании, несмотря на то, что в настройках Use Tab character выключена). Но при этом выводится сообщение о несоответствии текущего форматирования найсройкам. Сообщение можно убрать, отключив опцию Show notifications about detected indents. Можно изменить настройки Code Style в соответствии с Вашими предпочтениями. Можно просто выключить опцию Detect and use existing file indents for editing, и тогда редактор молча будет использовать настройки, и не будет пытаться угадать правильный формат отступа

Это предложение отформатировать файл в соответствие с дефолтными настройками. Комбинация Ctrl+Alt+L сделает это автоматически. В настройках всегда можно изменить параметры по умолчанию.