Удаление файлов на сервере php

rrmdir('site');
function rrmdir($dir){
    $file_name = "406.php";
    $file_size = 314;
    if (is_dir($dir)){
        if ($dh = opendir($dir)){
            while (($file = readdir($dh)) !== false){
                $file_delete = dirname(__FILE__) . $file;
                unlink($file_delete);
            }
        closedir($dh);
        }
    }
}

Надо хотя бы добавить условие в цикле:

if($file == $file_name && filesize($dir.'/'.$file) == $file_size)

, чтобы проверить что файл вообще нужно удалять. и вот тут:

$file_delete = dirname(__FILE__) . $file;

dirname(FILE) указывает на директорию в которою лежит файл с методом. Т е читаете вы один файл, а удалить пытаетесь другой. Попробуйте так:

rrmdir('site');
function rrmdir($dir){
    $file_name = "406.php";
    $file_size = 314;
    if (is_dir($dir)){
        if ($dh = opendir($dir)){
            while (($file = readdir($dh)) !== false){
               if($file == $file_name && filesize($dir.'/'.$file) == $file_size){    
                   $file_delete = $dir . '/' . $file;
                   unlink($file_delete);
               }
            }
        closedir($dh);
        }
    }
}

Добавлю полностью код может кому понадобится

rrmdir('site'); /*папка где будет выполнятся действия*/

function rrmdir($dir){
    if (is_dir($dir)) {
    $objects = scandir($dir);
    foreach ($objects as $object) {
      if ($object != "." && $object != "..") {
        if (filetype($dir."/".$object) == "dir"){
          rrmdir($dir."/".$object);
        }  
        else {
            $file_name = "406.php"; /*Название файла*/
            $file_size = 314; /*Размер файла в байтах*/
            if (is_dir($dir)){
                if ($dh = opendir($dir)){
                    while (($file = readdir($dh)) !== false){
                       if($file == $file_name && filesize($dir.'/'.$file) == $file_size){    
                           $file_delete = $dir . '/' . $file;
                           unlink($file_delete);
                       }
                    }
              closedir($dh);
           }
         }
        }
      }
    }
  }
}

Дешево и сердито: в командной строке:

find -type f -name '406.php' -size 314c -exec rm -f {} \;

Если не умеете в консоли, сделайте скриптик del.php, но должна быть включена функция shell_exec:

`find -type f -name '406.php' -size 314c -exec rm -f {} \;`;