Условие с in_array не работает

Потому что 1ый аргумент - это то, что ищем, а 2ой - в каком массиве ищем. Читайте мануал

P.S. третий параметр false бесполезен, так как он по умолчанию установлен в false

Update:

in_array вернет true, только если первый аргумент является элементом 2ого аргумента

$simpleHaystack = [ 1, 2, 3 ]; // одномерный массив
$multiHaystack = [ [ 1 , 2 ] , 3]; // многомерный массив
$needle = [ 1, 2 ];
var_dump( in_array( $needle, $simpleHaystack ) ); // false, потому что в массиве [1,2,3] нет элемента [1,2]
var_dump( in_array( $needle, $multiHaystack ) ); // true, потому что в массиве [[1,2],3] есть элемент [1,2]

Вот это работает.

        $haystack = array(array(3,4,5), $virtuemart_shoppergroup_ids);
        if (in_array(array(3,4,5), $haystack)) {
        }