Вывести значение из MYSQL

Для этого есть limit. Если вам нужно вывести все значения кроме первых 99 (т.е. начиная с 100), то так:

SELECT `user_id` FROM `user` LIMIT 99,18446744073709551615;

Об этом говорит сама документация MySQL:

https://dev.mysql.com/doc/refman/8.0/en/select.html

To retrieve all rows from a certain offset up to the end of the result set, you can use some large number for the second parameter. This statement retrieves all rows from the 96th row to the last:

SELECT * FROM tbl LIMIT 95,18446744073709551615;

SQL LIMIT позволяет вывести указанное число строк из таблицы. Оператор SQL LIMIT записывается всегда в конце запроса.

Оператор LIMIT имеет следующий синтаксис:

LIMIT first_row [, last_row]

Оператор SQL LIMIT выводит то количество записей, которое указано в параметре first_row. Если, через запятую указано значение параметра last_row, то будут выведены строки в диапазоне first_row — last_row включительно.

Ну и соответственно если вы работаете с массивом, то рекомендую использовать не while, а оператор foreach (http://php.net/manual/ru/control-structures.foreach.php).

Конечно же можно сделать срез массива при помощи array_slice (http://php.net/manual/ru/function.array-slice.php), но делать этого я не рекомендую.