Вызов python-скрипта в PHP

Перечитал все, что доступно на эту тему здесь и на других ресурсах, но проблема упорно не хочет решаться. Я пытаюсь вызвать Python скрипт из PHP, перепробовал и system(), и popen(), но у меня ничего не выводится, либо пустота, либо единица. У меня есть подозрения, что я из самого скрипта не правильно вывожу. Я тестировал и писал его на пк, и все результаты выводил с помощью print(). Уточню, что скрипт просто обрабатывает .csv файл лежащий рядом с ним и выводит результат в виде одного единственного числа. Прикладываю код:

import pandas as pd
from sklearn.cluster import KMeans
from sklearn.preprocessing import MinMaxScaler, StandardScaler
# read data
data = pd.read_csv("/home/d/drewmaksim/drewmaksim.tmp/main.csv",     sep=';').dropna(axis=1, how='all')
# normalize data
scaler = StandardScaler()
X = scaler.fit_transform(data.drop('Пользователь', 1))
# clustering
n_clusters = 3
km = KMeans(n_clusters=n_clusters)
# fit & predict clusters
data['cluster'] = km.fit_predict(X)
# results - we should have 3 clusters: [0,1,2]
#print(data)
print(data.ix[0, 'cluster'].item())

Вызов в php делал так:

$tested = system('python /home/d/drewmaksim/drewmaksim.tmp/script.py', $retval);

А затем просто выводил эти две переменные с помощью echo()