Yii2 получить id не связанных записей

Чтобы получить подключенные модули пользователя, можно создать реляцию с использованием промежуточной таблицы.

public function getModulesEnable()
{
    return $this->hasMany(Modules::class, ['id' => 'id_user'])
        ->viaTable('user_modules', ['id_module' => 'id']);
}

Чтобы получить отключенные модули, используем обычный запрос, но исключаем подключенные модули. Для этого получаем айдишники подключенных модулей и сохраняем их в свойстве $this->enableModulesIds. Либо передаем параметром, чтобы было более очевидно.

public function getModulesDisable(){
    return Modules::find()->where(['!=', 'id', $this->enableModulesIds])->all();
}