Замена скобки с буквой

Самочувствие сегодня (конечно)плохое

Самочувствие сегодня (конечно) плохое

echo preg_replace('/(\))(\w)/u', '$1 $2', $string);

Двумя заменами: первая для закрывающей скобки, вторая - для открывающей:

$str = 'Самочувствие сегодня (конечно)плохое(да)очень';
$str = preg_replace('~(\))(\S)~', '$1 $2', $str);
$str = preg_replace('~(\S)(\()~', '$1 $2', $str);
echo $str;
// Самочувствие сегодня (конечно) плохое (да) очень

Проверяйте позиции слева и справа от скобок с помощью прямых и обратных опережающих просмотров:

$str = 'Самочувствие сегодня(конечно)плохое';
echo preg_replace('~(?<=\))(?=\S)|(?<=\S)(?=\()~', ' ', $str);

Результат:

Самочувствие сегодня (конечно) плохое
                    ^ пробелы ^