Замена ссылок на слово+ссылка

Нужно дописать регулярное выражение, чтобы была проверка на отсутствие вначале и в конце этих вставок. То есть внутри code ничего не меняем, остальное проверяем

Можно конечно ещё подумать над составлением шаблона, но можно пойти и не много другим путём:

$str = '
    <a href="#">Линк</a> Текст 1
    https://domen.ru/43654766587878787?dlinnaya+ssylka Текст 2
    <pre><code>
    https://domen.ru/43654766587878787?dlinnaya+ssylka
    <a href="#">Линк</a>
    </code></pre>
';

Сначала найти и сохранить в переменную весь блок <pre><code>...</code></pre>

preg_match('~<pre><code[^>]*>.+?</code></pre>~s', $str, $code);

Потом произвести замену всех ссылок (в том числе и ссылок внутри тега <a>)

$str = preg_replace('~https?://\S+|<a[^>]*>.+?</a>~', 'Ссылка', $str);

И напоследок заменить блок <pre><code>...</code></pre> на ранее сохранённый его аналог

$str = preg_replace('~<pre><code[^>]*>.+?</code></pre>~s', $code[0], $str);
echo $str;

Результат:

Ссылка Текст 1
Ссылка Текст 2
<pre><code>
https://domen.ru/43654766587878787?dlinnaya+ssylka
<a href="#">Линк</a>
</code></pre>