Затемнение картинки при помощи php

Если исходить из этой документации, то равномерно залитый черным файл для watermark вам ничего не даст, т.к. существуют следующие параметры: wm_x_transp и wm_x_transp со значением по умолчанию равным 4

If your watermark image is a PNG or GIF image, you may specify a color on the image to be “transparent”. This setting (along with the next) will allow you to specify that color. This works by specifying the “X” and “Y” coordinate pixel (measured from the upper left) within the image that corresponds to a pixel representative of the color you want to be transparent.

Попробуйте выставить их в 0, может модуль тогда не будет считать ваш черный цвет, как цвет прозрачности.

UPDATE
В библиотеке от CodeIgniter идёт определение и выбор способа наложения:

    // Set RGB values for text and shadow
    $rgba = imagecolorat($wm_img, $this->wm_x_transp, $this->wm_y_transp);
    $alpha = ($rgba & 0x7F000000) >> 24;
    // make a best guess as to whether we're dealing with an image with alpha transparency or no/binary transparency
    if ($alpha > 0)
    {
        // copy the image directly, the image's alpha transparency being the sole determinant of blending
        imagecopy($src_img, $wm_img, $x_axis, $y_axis, 0, 0, $wm_width, $wm_height);
    }
    else
    {
        // set our RGB value from above to be transparent and merge the images with the specified opacity
        imagecolortransparent($wm_img, imagecolorat($wm_img, $this->wm_x_transp, $this->wm_y_transp));
        imagecopymerge($src_img, $wm_img, $x_axis, $y_axis, 0, 0, $wm_width, $wm_height, $this->wm_opacity);
    }

Исходя их этого кода единственным решением, скорее всего, будет такое:

1. Создать PNG или GIF, залитый черным цветом большого размера (допустим 500x500)
2. Верхний левый пиксель сделать чуть-чуть светлее
3. Указать wm_x_transp и wm_y_transp равным 1