Криво загружается меню на сайте

1. Научитесь правильно составлять документ. В head не могут находиться <a>,<div> и д.р
2. JS перенесите вниз. И те скрипты, которые вам не нужны в скором времени загружайте асинхронно
3. Все стили нужно хранить в файле с расширением .css, а не использовать <style></style>. Это позволит файлам кэшироваться.
4. Используйте прелоадер

Стили не успевают подгрузится. Вы видите сайт до не полной загрузке, соотвественно отображение не корректное. Лучший и быстрый способ исправить это добавить на сайте прелоадер.
Другими словами, создать дивку с позиционированием fixed + фон + надпись или иконка загрузки. Делать ее видной до тех пор, пока сайт не загрузится. Тут можно поможет событие "load".