Как присоединить 3 таблицу с помощью JOIN?

Таблицу вторую присоединить можно так же, как и первую:

FROM users u
JOIN payments p ON u.id = p.user_id
JOIN qiwi_withdraws q ON u.id = q.user_id

Для Вашей задачи это не подойдет. Во всяком случае, я не знаю, как взять нужные суммы без подзапросов. Если их использовать, то Ваш запрос может выглядеть так:

SELECT users.*, 
(SELECT sum(amount) FROM payments 
    WHERE user_id = users.id AND status = 2 
    AND (created_at BETWEEN '$yesterday' AND '$today')) as payments_sum,
(SELECT sum(amount) FROM qiwi_withdraws 
    WHERE user_id = users.id AND status = 2
    AND (created_at BETWEEN '$yesterday' AND '$today')) as qiwi_sum
FROM users