Mysql Insert по условию

Можно примерно так:

INSERT INTO import_file (`operator`,`stantion`,`data`,`errors`,`file`)
  select '$operator', '$stantion', '$data'
    from (select 1) X
   WHERE not exists(SELECT 1 FROM import_file
                     WHERE `data`='$data' AND `stantion`='$stantion'
                       AND `operator`='$operator'
                   )

Или сделайте уникальный индекс по полям data, stantion, operator и попытка вставки дубля в таблицу вернет ошибку, которую вы можете проанализировать и понять что запись была или воспользоваться конструкцией on duplicate key update.

НО, вы подставляете значения переменных непосредственно в запрос, что приводит к массе проблем и уязвимостей (до половины всех взломов сайтов в интернете происходят именно по этой причине). Поэтому никогда ни одной переменной непосредственно в текст запроса не подставляйте. Вместо этого используйте подготавливаемые запросы и привязку значений (bind_param).

В общем виде:

SELECT COUNT(*) AS total FROM import_file  WHERE stantion =  $stantion;
if(!total){
    INSERT ...
}else{ 
    UPDATE ...
}

Естественно, как отметил @Moonvvell, это в файле модели (или где вы отправляете запросы).