Стоит ли минифицировать PHP-код?

Надо ответить на вопрос "зачем"

CSS и JS - потому что эти данные передаются по сети. Возможно, по медленной сети какого-нибудь GPRS. Или, что зачастую гораздо хуже, по нестабильной сети. Меньше данных передавать - значит быстрее загрузка на клиенте. При раздаче gzip эффект оказывается сильно меньше, но если равно при деплое статика собирается, компилируется (sass/less, например, или ещё какой препроцессор), сжимается gzip'ом (чтобы nginx не на каждый запрос пережимал статику, а раздавал уже сжатую), выберите-подходящие-этапы-для-своего-проекта - то ещё один шаг с минификацией уже ничего не стоит добавить.

PHP же - исполняется целиком на сервере, исходник никуда не передаётся по сети. Какой бонус можно хотеть получить после минификации? Может быть мысль сэкономить чуть-чуть на времени парсинга исходного текста - но зачем, если парсинг исходника можно вообще не делать для каждого запроса, а переиспользовать сразу опкод? Несколько дополнений кэширования опкода было уже давно, в уже музейном PHP 5.5 opcache перенесли в основной код PHP (но дефолтно он выключен).

То есть минифицировать по аналогии с JS можно, но нет ответа на вопрос "зачем". Поэтому не используется.

Нет. Код исполняется на сервере, а не передается по сети клиенту. Да и в минификации css и js в век всеобщего gzip мало. Но имеет смысл объединения мелких файлов в 1 - что бы меньше было запросов.