C++ добавление данных из struct в QComboBox

Грязный и быстрый способ. Просто слепить все необходимые данные в строку, и добавить ее в комбобокс(если надо, исходную структуру тоже можно положить):

Q_DECLARE_METATYPE(WaypointData)
//...
static const QString format("%1, %2, %3, %4")
WaypointData data;
ui->WayPointBox->addItem(format.arg(data.iD)
                               .arg(data.lng)
                               .arg(data.lat)
                               .arg(data.alt),
                         QVariant::fromValue(data));

Красивый но чуть более сложный способ. Сделать собственную модель:

class WaypointDataModel : public QAbstractListModel{
    QVector<WaypointData> _data;
public:
    WaypointDataModel(QObject *paretn):
        QAbstractListModel(parent)
    {
        //Как-то заполняем _data
        //Можно недостающие данные получить через параметры конструктора
    }
    QVariant data(const QModelIndex &index, int role) const{
        switch(role){
            case Qt::DispalyRole:
            case Qt::EditRole:
                return _toString(_data[index.row()]);
            default:
                return QVariant();
        }
    }
    int rowCount(const QModelIndex &parent) const{
        if(parent.isValid()){
            return 0;
        }
        return _data.size();
    }
private:
    QString _toString(const WaypointData &waypointData) const{
        static const QString format("%1, %2, %3, %4");
        return format.arg(data.iD)
                     .arg(data.lng)
                     .arg(data.lat)
                     .arg(data.alt);
    }
};

Там где у вас должен заполняться комбобокс делаем так:

ui->WayPointBox->setModel(new WaypointDataModel(ui->WayPointBox));

При желании можно добавить методы доступа к данным в модели, сделать их редактируемыми, комбобокс разноцветным, можно подключить модель к десятку разных представлений, короче можно все что душе угодно. А главное, весь код отвечающий за данные сосредоточен в модели.

PS Код писал в браузере, могут быть ошибки

Просто конвертируем структуру в строку по вашему формату:

QString toStr(WaypointData *w) {
    return QString::number(w->iD)+", "+QString::number(w->lng)+", "+QString::number(w->lat)+", "+QString::number(w->alt)+";";
}

И набиваем список структур в бокс:

std::vector<std::shared_ptr<WaypointData>> points;
//...
for(auto point = points.begin(); point!=points.end(); ++point)
    ui->WayPointBox->addItem(toStr(*point));

Прекрасно работает.