Как очистить от лишнего

Во-первых, вы что-то выдумываете. Если вызов std::cin.getline завершился "досрочно", т.е. по достижению предельного размера буфера, а не по достижению конца строки, то в потоке std::cin будет выставлен failbit. Пока в потоке выставлен failbit никакие операции ввода выполняться не будут. Это приведет к тому, что второй вызов std::cin.getline ничего не прочитает вообще. Никакого "заполнения последующей переменной автоматически" не произойдет. Сбросить failbit можете только вы, но я у вас в коде ничего подобного не вижу.

Во-вторых, по вашему вопросу совершенно не ясно, в чем вы видите "проблему" и какое поведение вы хотите получить в результате. Но если задача состоит в том, чтобы пропустить непрочитанный первым вызовом std::cin.getline "хвост" строки, то после чтения начала вам нужно проверять failbit. Если он установлен, то сбрасывать его и делать

std::cin.ignore(std::numeric_limits<std::streamsize>::max(), '\n')

P.S. Предельный размер в std::basic_istream<>::getline - это предельный размер буфера, а не предельная длина строки. То есть в вашем примере у вас либо буферы слишком большие, либо значения, передаваемые в getline слишком маленькие.

Проще всего считать всю строку, не ограничивая количество символов:

std::string s;
std::getline(std::cin, s);

А потом доставать нужное количество символов из s.