Заменить символ '/' на “\\”

string s;
cin >> s;
for(int i = 0; i < s.size(); i++)
{
    if(s[i] == '/')
    {
        s.replace(i, 1, "\\");
    }
}

Дело в том, что "\\" и есть одиночный бекслеш. Попробуйте "\\\\".

В C++ в строковых литералах \ является специальным экранирующим символом: он означает не себя, а просто модифицирует значение следующего за ним символа. Например, \n означает не бекслеш и символ n, а перевод строки, символ с кодом 0x10.

Поэтому сам по себе бекслеш не означает бекслеш. Для ввода бекслеша нужно использовать \\.

Вы можете проверить длину строки "\\\\", она равна 2. (Проверка: http://ideone.com/DhxHe8)

Это, кстати, возможно, и есть причина странного поведения редактора по отношению к двойному бекслешу.

Напишите так:

s.replace(i, 1, "\\\\");

Или так:

s.replace(i, 1, R"(\)");