Проблема заключается в том, что ninject создает в UnitOfWork и репозиториях разные классы DbContext, а нужно что бы репозитории пользовались контекстом UnitOfWork. Как в даном случае это можно реализовать, что бы особо не менять структуру проекта или не менять вообще.
Вопрос не очень понятен, но возможно вам поможет использовать unitofwork как singleton: kernel.Bind<IUnitOfWork>.To<UnitOfWork>().InSingletonScope(). Возможно тоже нужно сделать с DbContext.
Основные этапы разработки сайта для стоматологической клиники
Продвижение своими сайтами как стратегия роста и независимости