PlayerPrefs не сохраняет структуру

Класс Saves и его структура не помечены атрибутом [Serializable].

Базовый юнитековский джейсон-сериализатор работает примерно так же, как сериализатор инспектора. Т.е. если вы хотите что-то сериализовать, то подходить нужно так же, как если бы вы хотели отобразить это поле в инспекторе монобеха.

Скорее всего, полям внутри структуры и самой структуре тоже понадобится добавить соответствующие атрибуты (структуре Serializable), а полям [SerializeField]

Документация [Serializable]
Документация [SerializeField]. По этой же ссылке можно прочитать о том, что юнити умеет сериализовать.