Почему данный код вписывает в файл числа только до 359?

Попробуйте так:

using (FileStream str = new FileStream(@"D:\e.txt", FileMode.Append, FileAccess.Write))
{
    StreamWriter stream = new StreamWriter(str);
    stream.AutoFlush = true;
    for (int i = 0; i < 500; i++)
    {
        stream.Write(i + ",");
        stream.WriteLine();
    }
    str.Close();
}