Unity Можно ли получить объект по значению компонента (скрипта)

В скрипте иметь словарь, где ключом будет идентификатор, а значением — сгенерированный объект.

Dictionary<int, GameObject> myObjects; 

При инстанциировании складываем туда

var myObj = Instantiate(prefab, new Vector3(2.0f, 0, 0), Quaternion.identity);
myObjects.Add(1, myObj);

Далее когда нужно удалить по id, то обратится к словарю и удалить его оттуда и со сцены.

var objToRemove = myObjects[1];
dic.RemoveAt(1);
Destroy(objToRemove);

Вроде как-то так.

Если у тебя есть инстанс скрипта то

instance.gameObject.Destroy();

Так же можешь сделать public static List с твоими обьектами. А внутри обьекта уже иметь айдишник.

Тогда достаточно просто найти в этом листе через Linq обьект с нужным айдишником и его дестройнуть.