Использование css и bootstrap

Занимаюсь вёрсткой около года. В данный момент пишу проект для моего диплома. Использую bootstrap и часто приходится добавлять свои правки css, например, что сдвинуть, убрать padding или margin у элементов. В общем постоянные css костыли. Не является ли это плохим тоном ? Хочется писать чистый, качественный код, но все время кажется, что мой код ужасен.