Работа с файлами js

File System API - не стандартизированное и не утверждённое W3C API, которой будет работать только в браузерах на движке Blink. Этот вариант подойдёт Вам только в том случае, если Вы пишите дополнение для Chrome или веб-аппликацию под конкретный браузер.

Если нет, то используйте стандартизированный FileReader API, который работает почти на всех современных браузерах.

Пример записи и чтения файла (или нескольких):

HTML:

<input id="input" type="file">
<hr>
<textarea id="textarea"></textarea>
<hr>
<a id="download" href="">Скачать файл</a>

JavaScript:

var inputElement = document.getElementById('input'),
    downloadElement = document.getElementById('download'),
    textareaElement = document.getElementById('textarea');
downloadElement.style.display = 'none';
inputElement.onchange = function() {
  var fileList = this.files, // список указанных файлов
      textFile = fileList[0]; // для нашего примера берём один файл
  // Проверяем тип файла (текстовой файл)
  if (textFile.type == 'text/plain') {
    // Создаём новый FileReader, который и будет читать наш файл
    var reader = new FileReader();
    // Событие успешного чтения
    reader.onloadend = function(event) {
      var text = event.target.result,
          blob = new Blob([text], { type: 'text/plain' });
      // Ваши любые манипуляции с данными
      textareaElement.value = text;
      downloadElement.style.display = 'block';
      downloadElement.href = URL.createObjectURL(blob);
      downloadElement.download = textFile.name;
    };
    // Событие ошибки
    reader.onerror = function() {
      alert('Ошибка чтения файла!');
    };
    // Читаем наш файл как текст
    reader.readAsText(textFile);
  } else {
    alert('Это не текстовой файл!');
  }
};
textareaElement.onkeyup = function() {
  // Обновляем ссылку скачивания файла
  // (ТОЛЬКО ДЛЯ ПРИМЕРА, СКРИПТ ВЫПОЛНЯЕТСЯ ПРИ КАЖДОМ НАЖАТИИ КЛАВИШИ)
  var text = this.value,
      blob = new Blob([text], { type: 'text/plain' });
  downloadElement.href = URL.createObjectURL(blob);
};

П.С. Не могу добавить в ответ больше двух ссылок (из-за ограничения по репутации) но поиск по "FileReader API" даст вам множество дополнительных подсказок и примеров ;)

Есть несколько вариантов со своими преимуществами и недостатками. Посмотрите предлагаемые решения здесь и здесь.

Примеры решений:

1) генерировать файл и по ссылке предлагать пользователю его скачать. Реализация:

function download(text, name, type) { 
  var a = document.getElementById("a"); 
  var file = new Blob([text], {type: type}); 
  a.href = URL.createObjectURL(file); 
  a.download = name; 
}

<a href="" id="a">click here to download your file</a> 
<button onclick="download('file text', 'myfilename.txt', 'text/plain')">Create file</button>

2) Использовать FileSystem API - http://www.html5rocks.com/en/tutorials/file/filesystem/

См. также https://developers.google.com/web/updates/2011/08/Saving-generated-files-on-the-client-side

Если вы хотите использовать javascript для этих целей, то вам подходит node.js