Что в телефонах отсчитывает время? Что является его эталоном времени?

В смартфоне стоит кварцевый резонатор и микросхемка-счётчик. Точность встроенного кварца вполне приемлема для обычного пользователя, особенно если телефон новый. Со временем из-за "усталости" кристалла частота начинает "уходить" и часы врут всё больше и больше. Таким образом, встроенный кварц и является эталоном времени для смартфона в режиме оффлайн.

Ясно, что кварц имеет намного меньшую точность, чем атомные эталоны, поэтому в режиме онлайн смартфон синхронизирует свои внутренние часы с внешними эталонами времени. Обычно используется NTP - при подключении к Интернет смартфон обращается к серверам точного времени и синхронизируется с ними. Более продвинутые модели для синхронизации могут использовать сигналы GPS/ГЛОНАСС или сети GSM.

Судя по всему, RTC уже давно встроенный, и питается от общей батареи. Операционка после запуска получает текущее время по NTP.