Добавление/перезапись параметра в файл.properties

Обмен информацией при помощи properties файлов не очень хорошая идея. В большинстве случаев они должны быть строго read-only.
Для вашего случая скорее подойдет база данных, например h2. Но если так хочется, то можете создать файл, например так:

Path path = Paths.get("config.xml")
Properties properties = new Properties();
properties.setProperty("key", "value");
properties.storeToXML(Files.newOutputStream(path),"this is very important file");

А прочитать параметры так:

Properties properties = new Properties();
properties.loadFromXML(Files.newInputStream(path));
System.out.println(properties.getProperty("key"));

value

PS если использовать методы store и load соотвественно, то файл будет иметь структуру properties файла, а не xml как в примере