Exception in thread “main” java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space при сканировании большого количества папок

дополнительно к ответу @iksuy рекомендую использовать

        try(Scanner text = new Scanner(in);) { // такая конструкция позволяет закрывать потоки в конце автоматически 
            while (text.hasNext()) {
                if (text.next().contains("Заглушка")) {
                    System.out.println("Заглушка" + " " + file.getCanonicalPath());
                }
            }
        }

если использовать Java 8 Stream API, то можно легко распараллелить операции

import java.io.*;
import java.util.*;
import java.util.stream.Collectors;
import org.apache.commons.io.FileUtils;
public class Main {
    public static void main(java.lang.String[] args) {
        File searchDir = new File("C:\\New folder");
        Collection<File> files = FileUtils.listFiles(searchDir, new String[]{"txt"}, true); // позволяет сканировать директории и возвращает файлы по маске
        java.util.List<String> res = files // берем наш список 
                .parallelStream()          // в параллель выполняем операции 
                .filter(f -> isContains(f)) // по фильтру выбираем те файлы, которые содержат слово 
                .map(File::getAbsolutePath) // для тех файлов, которые прошли условие,  берем полный путь 
                .collect(Collectors.toList()); // сохраняем в массив 
        System.out.println(res.toString()); // печатаем результат 
    }

    public static boolean isContains(File f) {
        try (
                BufferedReader in =
                        new BufferedReader(new InputStreamReader(
                                new FileInputStream(f.getAbsolutePath()), "UTF-8"));
                Scanner text = new Scanner(in);) {
            while (text.hasNext()) {
                if (text.next().contains("Заглушка")) {
                    return true;
                }
            }
        } catch (IOException e) {
            e.printStackTrace();
        }
        return false;
    }

}

Ресурсы нужно освобождать. У вас все файлы открываются и не закрываются, остаются висеть в памяти, она пухнет и в итоге ошибка происходит.

Scanner text = new Scanner(in);
//...
//...
text.close(); //Закроет переданный BufferedReader