Java распарсить JSON с глубокой вложенностью

Воссоздаем аналогичную структуру JSON в POJO классе, и уже парсим респонс так

MyPojo string = new Gson().fromJson(jsonStr, MyPojo.class);

Преобразование POJO класса обратно

String jsonStr = new Gson().toJson(myPojo);

По "не вложенности" - как вариант, создать доп. класс с функцией конвертирования полученного объекта в новый без вложенности и обратно (mapstruct в этом поможет), а там уже и хеши и что уже захотите с ним сделать.

(Jackson) Вам может помочь аннотация @JsonDeserialize(using = DataDeserializer.class), где DataDeserializer это десериализатор, в котором можно прописать любую логику конвертации. Как пример создаём генерик класс, который лазит по всем классам и собирает самые нижние поля.

import java.io.IOException;
import java.lang.reflect.Field;
import java.lang.reflect.ParameterizedType;
import java.time.LocalDateTime;
import java.util.Iterator;
import com.fasterxml.jackson.core.JsonParser;
import com.fasterxml.jackson.core.JsonProcessingException;
import com.fasterxml.jackson.core.TreeNode;
import com.fasterxml.jackson.databind.DeserializationContext;
import com.fasterxml.jackson.databind.ObjectMapper;
import com.fasterxml.jackson.databind.deser.std.StdDeserializer;
public class CustomDeserializer<T> extends StdDeserializer<T> {
    protected CustomDeserializer() {
        super(LocalDateTime.class);
    }
    @Override
    public T deserialize(JsonParser jsonParser, DeserializationContext deserializationContext)
            throws IOException, JsonProcessingException {
        try {
            final T instance = ((Class<
                    T>) ((ParameterizedType) getClass().getGenericSuperclass()).getActualTypeArguments()[0])
                        .newInstance();
            final TreeNode treeNode = jsonParser.readValueAsTree();
            parseNode(treeNode, instance);
            return instance;
        } catch (NoSuchFieldException | IllegalAccessException | InstantiationException e) {
            throw new RuntimeException(e);
        }
    }
    private void parseNode(final TreeNode treeNode, final T instance)
            throws IOException, NoSuchFieldException, IllegalAccessException {
        final Iterator<String> names = treeNode.fieldNames();
        while (names.hasNext()) {
            final String nodeName = names.next();
            final TreeNode nextNode = treeNode.get(nodeName);
            if (nextNode.isObject()) {
                parseNode(nextNode, instance);
            } else {
                final String value = nextNode.toString();
                final Field declaredField = Data.class.getDeclaredField(nodeName);
                final Class<?> fieldType = declaredField.getType();
                final ObjectMapper objectMapper = new ObjectMapper();
                final Object deserializedValue = objectMapper.readValue(value, fieldType);
                declaredField.setAccessible(true);
                declaredField.set(instance, deserializedValue);
            }
        }
    }
}

Дальше создаём наследника c генериком нужного нам типа:

public class DataDeserializer extends CustomDeserializer<Data> {}

Затем помечаем наш класс аннотацией:

@JsonDeserialize(using = DataDeserializer.class)
public class Data {...

Ну и парсим:

final ObjectMapper objectMapper = new ObjectMapper();
try {
    final Data data = objectMapper.readValue("JSON_VALUE", Data.class);
} catch (IOException e) {
    ...
}

C простыми полями должно сработать. Теоретически, можно отфильтровать объекты, поля которых забирать наверх не нужно.