Как скрыть диалоговое окно?

Должно как то так получится:

final AlertDialog.Builder builder = new AlertDialog.Builder(context);
final View dialogView = inflater.inflate(R.layout.dialog_layout_choose_potential, null);
builder.setView(dialogView);
builder.setTitle("...");
final AlertDialog dialog = builder.create();
dialog.show();
Button button = (Button)dialogView.findViewById(R.id.button);
button.setOnClickListener(new OnClickListener{
  public void onClick (View v){
    dialog.dissmis();
  }
});

Это конечно идеологически неверно, управлять диалогом не его собственными кнопками, а из кастомного view, но технически возможно.

Как-то так:

final AlertDilog alert = builder.build();
Button btn = (Button)dialogView.findViewById(...);
btn.setOnClickListener({ alert.dismiss() });

Псевдокод, но надеюсь идея понятна.