Найти все числа в строке

Попробуйте это: ^(?:[-+0-9]\d*|0)?(?:\.\d+)?$

Требуемое можно реализовать с помощью word boundaries:

String source = "12 a34 5b6 78c 005 9";
Pattern pattern = Pattern.compile("\\b[\\d]+\\b");
Matcher matcher = pattern.matcher(source);
while (matcher.find()) {
    System.out.println(matcher.group());
}

Вывод на консоль:

12
005
9