Получить файл из сообщения

Нашел решение в чате разработчика библиотеки

Получение файла

 GetFile getFileRequest = new GetFile();
getFileRequest.setFileId(update.getMessage().getDocument().getFileId());
 org.telegram.telegrambots.api.objects.File telegramFile = 
bot.execute(getFileRequest);
File testFile = bot.downloadFile(telegramFile);

Проверка на наличие файла

if (update.hasMessage() && update.getMessage().hasDocument())