Распарсить массив json в составе json

Не обязательно создавать отдельный класс для json. Можно парсить его в Map.

Пример разбора папки с файлами json, вывод в консоль и запись в другую папку. Адаптировал под под ваш случай. Условие - структура json не должна меняться.

public class JsonConcatenation {
    public static void main(String[] args) {
        JsonConcatenation jsonConcatenation = new JsonConcatenation();
        // Read json
        HashMap<String, Object> jsonMap = jsonConcatenation.findJson("json");
        jsonMap.forEach((name, json) -> {
            HashMap<String, Object> room =
                    (HashMap<String, Object>) ((HashMap)json).get("КОМНАТА");
            ArrayList<HashMap<String, Object>> boxes =
                    (ArrayList<HashMap<String, Object>>) room.get("КОРОБКА");
            boxes.forEach(box -> {
                ((HashMap)json).remove("КОМНАТА");
                box.forEach(((HashMap) json)::put);
                // Print json
                System.out.println(json);
                // Write json
                jsonConcatenation
                        .writeJson((HashMap) json, name, boxes.indexOf(box));
            });
        });
    }
    //////// //////// //////// //////// //////// //////// //////// ////////
    public HashMap<String, Object> findJson(String address) {
        File[] files = findFiles(address);
        HashMap<String, Object> jsonMap = new HashMap<>();
        if (files.length > 0) {
            ObjectMapper mapper = new ObjectMapper();
            Stream.of(files).filter(file ->
                    file.getName().contains(".json")).forEach(file -> {
                try {
                    Object dto = mapper.readValue(file, HashMap.class);
                    jsonMap.put(file.getName().replace(".json", ""), dto);
                } catch (IOException e) {
                    e.printStackTrace();
                }
            });
        }
        return jsonMap;
    }
    private File[] findFiles(String address) {
        File[] fileArr = null;
        URL url = JsonConcatenation.class.getResource(address);
        if (url == null) {
            return new File[]{};
        }
        File folder = new File(url.getFile());
        if (folder.isDirectory()) {
            fileArr = folder.listFiles();
        }
        return fileArr;
    }
    private void writeJson(HashMap json, String name, Integer index) {
        ObjectMapper mapper = new ObjectMapper();
        ObjectWriter writer = mapper.writer(new DefaultPrettyPrinter());
        try {
            writer.writeValue(new File(name + index + "-new.json"), json);
        } catch (IOException e) {
            e.printStackTrace();
        }
    }
}