return не действует на наследника (Java)

Никакой проблемы в этом нет, если вы переопределяете метод, и в нем вызываете super(), то супер в этом месте и отрабатывает, но если у вас в переопределенном методе должно тоже что-то остановиться, то в нем так же делайте проверку if(isPaused) return; в нужном для вас месте. Используйте паттерн шаблонный метод.

 public sclass Helper extends HeS{
     public void act(float){
         super.act(delta);
         if(GameScreen.setPause) return;
         templateMethod();
     }
     public void templateMethod(){
     }
 }

в наследниках переопределяете templateMethod().

Шаблонный метод может быть абстрактный, может иметь реализацию по умолчанию - по необходимости. Абстрактным вы его можете сделать только в абстрактном классе. Преимущество абстрактного метода в том, что нельзя унаследовать класс не переопределив этот метод - компилятор будет ругаться.