Считывание целых чисел с файла

Можно использовать для этого Scanner:

try (Scanner scanner = new Scanner(new File("in.txt")))
{
    ArrayList<Integer> numbers = new ArrayList<>();
    while (scanner.hasNextInt())
    {
        numbers.add(scanner.nextInt());
    }
    System.out.println(numbers);
}
catch (FileNotFoundException e)
{
    e.printStackTrace();
}

При необходимости можно создать массив на основе полученного списка:

Integer[] array = numbers.toArray(new Integer[0]);