Шифрование Triple DES

Ну все правильно.

1. Ключ у TripleDES или 112 или 168 битов
2. Размер блока 64 бита (шифрование ведется блоками по 64 бита)
3. Исходный шифр 2 байта (128 бит)
4. Отсюда следует что у вас есть 2 блока по 64 бита, следовательно там зашифрован ключ длиной 112 бит.

Поясняю: 112 бит дают 2 блока по 64 бита, из которых 64*2-112=16 бит заполнены согласно выбранному алгоритму выравнивания.

Вам нужно определить алгоритм выравнивания - обычно PKCS#5 или PKCS#7

Алгоритм сцепления блоков скорее всего ECB (на малом количестве блоков обычно не снисходят до CBC)

Попробуйте так:

Cipher c = Cipher.getInstance("TripleDES/ECB/PKCS5Padding");