Сортировать массивы

Зачем столько циклов? Все проще...

public class Test {
    public static void main(String[] args) {
        char[] x = {'1','3','5'};
        char[] y = {'2','4','6','7'};
        System.out.println(smesch(x, y));
    }
    public static char[] smesch(char[] arr1, char[] arr2) {
        StringBuilder sb = new StringBuilder();
        for (int i = 0; i < Math.max(arr1.length, arr2.length); i++) {
            if (arr1.length>i) sb.append(arr1[i]);
            if (arr2.length>i) sb.append(arr2[i]);
        }
        return sb.toString().toCharArray();
    }
}

Вывод : 1234567

Второй случай сложнее, я бы использовал в такой задаче итераторы. Выглядить это будет примерно так:

public static void main(String[] args) {
    Character[] x = {'1','3','5'};
    Character[] y = {'2','4','6','7'};
    System.out.println(smesch(x, y, 1));
    System.out.println(smesch(x, y, 2));
}
public static char[] smesch(Character[] arr1, Character[] arr2) {
    return smesch(arr1, arr2, 1);
}
public static char[] smesch(Character[] arr1, Character[] arr2, int n) {
    StringBuilder sb = new StringBuilder();
    Iterator<Character> iterator1 = Arrays.asList(arr1).iterator();
    Iterator<Character> iterator2 = Arrays.asList(arr2).iterator();
    boolean isFirstIterator = false;
    for (int i = 0; i < arr1.length + arr2.length; i++) {            
        if (i % n == 0) isFirstIterator = !isFirstIterator;            
        if (isFirstIterator && iterator1.hasNext()) sb.append(iterator1.next());
        else if (iterator2.hasNext()) sb.append(iterator2.next());
    }
    return sb.toString().toCharArray();
}

Из примитивных чаров я сделал ссылочные, потому как у массива итератора нет и нужно перекинуть его в лист. Для массива примитивных чаров эта задача таким способом не решается. Если там нужен принципиально именно массив примитивов, то способ конвертировать найдете в инете. В идеале, разумеется, прокинуть в метод коллекцию вроде листа, чтобы не выполнять преобразования совсем (если это допустимо для вас)