Сравнение двух таблиц и изменение цвета текста строки таблицы

Мне кажется, нет смысла перебирать таблицу на каждую ячейку таблицы, тем более что значение ячейки и ее координаты будут переданы в метод.

Попробуйте этот вариант:

public class MyRenderer extends DefaultTableCellRenderer {
    public Component getTableCellRendererComponent(JTable table, Object value, boolean isSelected, boolean hasFocus, int row, int column) {
        super.getTableCellRendererComponent(table, value, isSelected, hasFocus, row, column);
        // Нас интересует только первый столбец
        if (column != 0) {
            return this;
        }
        // Не знаю какое значение в value, но пусть будет Integer
        Integer valueId = (Integer) value;
        boolean has = false;
        try {
            st = conn.createStatement();
            sql = "Select DISTINCT id From product Where id In (Select id_product From invoices)";
            rs = st.executeQuery(sql);
            // Ищем наше значение среди, все из результата запроса
            while (rs.next()) {
                int result = rs.getInt("id");
                // Если нашли
                if (valueId == result) {
                    has = true;
                    break;
                }
            }               
            // Если has == true, окрашиваешь зеленым, иначе красным
            setForeground(has ? Color.GREEN : Color.RED);
        } catch (SQLException ex) {
            Logger.getLogger(Success.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
        }
        return this;
    }
}

Но и предложенный мной вариант не эффективный, т.к. если у нас первый столбец это id таблицы product, который также совпадает с значением поля id_product таблицы invoices, то зачем нам делать запросы на id?

Ведь нам нужно просто проверить что такой id существует, а значит тот запрос можно упростить до sql = "SELECT 1 FROM invoices WHERE id_product = " + valueId; (чтобы не бояться sql-инъекции, нужно использовать биндинг параметров и PreparedStatement, но для этого примера и не зная чем у вас является conn, не стал это включать).

Тогда код упростится до:

public class MyRenderer extends DefaultTableCellRenderer {
    public Component getTableCellRendererComponent(JTable table, Object value, boolean isSelected, boolean hasFocus, int row, int column) {
        super.getTableCellRendererComponent(table, value, isSelected, hasFocus, row, column);
        // Нас интересует только первый столбец
        if (column != 0) {
            return this;
        }
        // Не знаю какое значение в value, но пусть будет Integer
        Integer valueId = (Integer) value;
        try {
            st = conn.createStatement();
            sql = "SELECT 1 FROM invoices WHERE id_product = " + valueId;
            rs = st.executeQuery(sql);
            // Если нашли id
            boolean has = rs.next();
            // Если has == true, окрашиваешь зеленым, иначе красным
            setForeground(has ? Color.GREEN : Color.RED);
        } catch (SQLException ex) {
            Logger.getLogger(Success.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
        }
        return this;
    }
}

PS. заметил что у вас создается выражение st=conn.createStatement();, но не закрывается st.close(), так лучше не делать. Советую для этого использовать try-with-resource выражение.

Пример:

...
try (Statement st = conn.createStatement()) {
    sql = "Select DISTINCT id From product Where id In (Select id_product From invoices)";
    rs = st.executeQuery(sql);
    ...
} catch (SQLException ex) {
    Logger.getLogger(Success.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
}
...

 for (int i = 0; i<table_allProduct.getRowCount();i++){
       row = (int) table_allProduct.getValueAt(i, 0);
       //System.out.print(result+" ");                               
       if(row == result) {
           setForeground(Color.GREEN);
           return this;
       } else {
           setForeground(Color.RED);
       }
  }