Есть ли способ в Java запретить всем, кроме программы, любой доступ к папке на время выполнения кода программы? Гуглил - не нашел ничего, что соответствовало бы моим требованиям.
Попробуйте так
File file = new File(myPath);
file.setExecutable(false, false);
file.setReadable(false, false);
file.setWritable(false, false);
file.setReadOnly();
Сборка персонального компьютера от Artline: умный выбор для современных пользователей