Есть ли бóльшая пустота чем undefined?

Ещё реже встречаются люди, которые знают о существовании метода delete

delete - оператор, а не метод!

В чём различия при удалении элемента массива методами undefined и delete

Присвоение undefined и оператор delete не удаляют элемент массива. Они "удаляют"/устанавливают значение, содержащееся в массиве. Сам элемент массива, после такого "удаления" остается - он становится не определенным, но позволяет выполнять операции с ним (смысл термина элемент !== смыслу термина содержимое элемента. Хотя, безусловно, ==).
А различие в том, что присвоение undefined - это присвоение значения, со всеми вытекающими последствиями... тогда как delete, именно удаляет содержимое элемента.

Для удаления элементов массива, в JavaScript существует Array.splice(). Прямое назначение метода как раз в этом (и в добавлении элементов). А delete - предназначен для удаления свойств объектов.

Главное различие - что оператор delete удаляет элемент массива. Хоть при этом длинна массива не изменится и адресовать удалённый элемент вы по прежнему сможете. Но оператор in не обнаружит элемент удалённый таким способом:

let arr = ['A','B','C','D','E','F']
arr[2] = undefined
console.log(2 in arr)  // ===> true
delete arr[3]
console.log(3 in arr) // ===> false

Подробнее тут