Как определить, есть ли в сообщение “-”

Регулярки в данном конкретном случае не обязательны.

ES6:

var str = 'Быть или не быть-вот в чём вопрос.'; 
var str2 = 'нет дефисов.'; 
 
console.log(str.includes('-')); 
console.log(str2.includes('-'));

includes - проверяет, содержит ли строка заданную подстроку, и возвращает, соответственно true или false.

C помощью indexOf:

var str = 'Быть или не быть-вот в чём вопрос.'; 
var str2 = 'нет дефисов.'; 
 
console.log(str.indexOf('-') !== -1); 
console.log(str2.indexOf('-') !== -1);

Используйте регулярный выражения Например в вашем случае поможет

if((message.content).match(/-/g).length) return message.reply("Минус не допустим)

if (message.content.indexOf("-") !== -1) return message.reply("Минус недопустим")