Как в js обрезать 5 символов?

console.log("[" + "8187 \r\n".trim() + "]");

А не логичнее прямо в PHP обрезать лишнее?

var port5 = <?php echo trim(json_encode($chunks2[2])); ?>;
console.log(port5);

Более того, если ваша цель в итоге получить число, то имеет смысл явно привести к целочисленному типу:

var port5 = <?php echo intval(json_encode($chunks2[2])); ?>;
console.log(port5);

Или, если вы во что бы то ни стало хотите манипулировать переменной на фронтэнде, то привести к целому её можно так:

var port5 = parseInt("<?php echo json_encode($chunks2[2])); ?>");
console.log(port5);

В javascript есть функция для обрезания строки substr, Пример использования:

var str = '8187 \r\n'; 
console.log(str.substr(0,4));

Подробнее об этом можете смотреть тут.