Область работы JavaScript?

Добрый день уважаемые.

Довольно часто при работе над чужими проектами (обычно на CMS OpenCart) сталкиваюсь с проблемой, что код, который прописанный не прямо вот под реагирующим на него элементов не хочет отрабатывать. С чем это может быть связано?

Приведу пример, есть 3 .tpl файла - header.tpl, main.tpl, footer.tpl и файл со скриптами common.js

Бывает такое что мой скрипт, который я кладу в common.js не срабатывает. Зато если я его инлайново пропишу в header.tpl (допустим некий скрипт для навигации по сайту), то он срабатывает.

С чем это может быть связано? В обоих случаях прописываю обработку скрипта только после полной загрузки страницы

$(document).ready(function () { ...})